约在150万至3.5万年前生活于印度尼西亚群岛，称之为
爪哇猿人。智人约于4.5万年前进入该地区。
公元3—7世纪建立了一些分散的封建王国。有记载的的朝代包括信奉佛教的室利佛逝（7世纪中叶—1293年）
[4]
，后被麻喏巴歇征服；控制
马六甲海峡的
新柯沙里王国（1222—1292年）
[5]
，引发了
元爪战争，之后王室借助元朝军队在爪哇建立了印尼历史上最强大的
麻喏巴歇封建帝国（1293—1478年）。
15世纪，葡萄牙、西班牙和英国先后侵入。1596年
荷兰侵入，1602年成立具有政府职权的“
东印度公司”，1799年底改设殖民政府。
1942年日本占领印尼，1945年日本投降后，
印度尼西亚八月革命爆发，1945年8月17日宣布独立，成立印度尼西亚共和国。
印度尼西亚独立后，先后武装抵抗英国、荷兰的入侵，发动了三次独立战争。1947年后，荷兰与印尼经过多次战争和协商，于1949年11月签订印荷《
圆桌会议协定》。根据此协定，印尼于同年12月27日成立联邦共和国，参加荷印联邦。
1950年8月印尼联邦议院通过临时宪法，正式宣布成立印度尼西亚共和国，同一年印尼成为
联合国第60个成员国。1954年8月脱离荷印联邦。
1967年，印尼与马来西亚、菲律宾、新加坡和泰国成立了“
东南亚国家联盟”（ASEAN，简称“东盟”），东盟已经拥有10个成员国，印尼是最具影响力的成员之一。
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1998年5月，执政长达32年的
苏哈托总统辞职，副总统哈比比接任总统。1999年10月，印尼人民协商会议（简称人协）选举
瓦希德为总统，
梅加瓦蒂为副总统。2001年7月23日，人协特别会议以渎职罪罢免瓦希德总统职务，梅加瓦蒂接任总统，哈姆扎·哈兹任副总统。
